Uusi ase tuberkuloosidiagnoosiin ja lääkkeen resistenssin havaitsemiseen: uuden sukupolven kohdennettu sekvensointi (TNG) yhdistettynä koneoppimiseen tuberkuloosin yliherkkyysdiagnoosiin
Kirjallisuusraportti: CCA: TNG: hen ja koneoppimiseen perustuva diagnostinen malli, joka sopii ihmisille, joilla on vähemmän bakteerien tuberkuloosi ja tuberkuloottinen meningiitti.
Opinnäytetyön otsikko: Tuberkuloaliseen kohdennettu seuraavan sukupolven sekvensointi ja koneoppiminen: Erittäin herkkä diagnostinen strategia kiehujen putkimaisten putkimaisten ja putkimaisen meningiitin kanssa.
Aikajuttu: 《Clinica Chimica Acta》
Jos ： 6.5
Julkaisupäivä: tammikuu 2024
Yhdistettynä Kiinan yliopiston tiedeakatemian ja Beijingin pääkaupungin lääketieteellisen yliopiston sairaalahäiriöön, makro- ja mikrotesti perusti tuberkuloosidiagnoosimallin, joka perustuu kohdennettujen sekvensointi (TNGS) -teknologian ja koneoppimismenetelmän uuteen sukupolveen Tuberkuloosin havaitsemisherkkyys, jossa on muutamia bakteereja ja tuberkuloottinen meningiitti, tarjosi uuden yliherkkyysdiagnoosimenetelmän kliiniseen diagnoosiin Kaksi tuberkuloosityyppiä ja auttoi tuberkuloosin tarkkaa diagnoosia, lääkkeen resistenssin havaitsemista ja hoitoa. Samanaikaisesti havaitaan, että potilaan plasma cfDNA: ta voidaan käyttää sopivana näytetyyppinä kliiniseen näytteenottoon TBM: n diagnoosissa.
Tässä tutkimuksessa käytettiin kahden kliinisen ryhmän määrittämiseen 227 plasmanäytettä ja aivo -selkäydinnesteenäytettä, joissa käytettiin laboratoriodiagnostisia kohorttinäytteitä tuberkuloosidiagnoosin koneoppimismallin määrittämiseen, ja kliinisiä diagnostisia kohorttien näytteitä käytettiin vakiintuneiden varmentamiseen Diagnostinen malli. Kaikille näytteille kohdistettiin ensin erityisesti suunniteltu kohdennettu sieppauskoe -allas Mycobacterium tuberculosis -sovellukseen. Sitten TB-TNGS-sekvensointitietojen perusteella päätöksentekomallia käytetään 5-kertaisen ristiinvalidoinnin suorittamiseen laboratorion diagnostisen jonon koulutus- ja validointiryhmissä ja saadaan plasmanäytteiden ja aivo-selkäydinnesteenäytteiden diagnostisia kynnysarvoja. Saatu kynnys on tuodaan kahteen kliinisen diagnoosijonon testijoukkoon havaitsemista varten, ja oppija diagnostinen suorituskyky arvioidaan ROC -käyrällä. Lopuksi saatiin tuberkuloosin diagnoosimalli.
Kuva 1 Kaavio tutkimussuunnittelusta
Tulokset: Tässä tutkimuksessa määritettyjen CSF -DNA -näytteen (AUC = 0,974) ja plasman cfDNA -näytteen (AUC = 0,974) ja plasman cfDNA -näytteen (AUC = 0,908) spesifisten kynnysarvojen mukaan CSF -näytteen herkkyys oli 97,01%, spesifisyys oli 95,65%ja Plasmanäytteen herkkyys ja spesifisyys olivat 82,61% ja 86,36%. TBM -potilaiden plasman cfDNA: n ja aivo -selkäydinnesteen DNA: n 44 parinäytteen analysoinnissa tämän tutkimuksen diagnostisen strategian korkean konsistenssi on korkea 90,91% (40/44) plasman cfDNA: ssa ja aivo -selkäydinneste -DNA: ssa, ja herkkyys on 95,45%. (42/44). Lapsilla, joilla on keuhkotuberkuloosi, tämän tutkimuksen diagnostinen strategia on herkempi plasmanäytteille kuin samojen potilaiden mahalaukun mehunäytteiden XPERT -havaitsemistulokset (28,57% vs. 15,38%).
Kuva 2 Tuberkuloosidiagnoosimallin analyysi populaationäytteille
Kuva 3 parillisten näytteiden diagnostiset tulokset
Johtopäätös: Tässä tutkimuksessa todettiin yliherkkä diagnoosimenetelmä tuberkuloosille, mikä voi tarjota diagnostisen työkalun, jolla on suurin havaitsemisherkkyys kliinisillä potilailla, joilla oli oligobasillaarinen tuberkuloosi (negatiivinen viljely). Plasma -cfDNA: hon perustuva yliherkkän tuberkuloosin havaitseminen voi olla sopiva näytetyyppi aktiivisen tuberkuloosin ja tuberkuloosisen aivokalvontulehduksen diagnosoimiseksi (plasmanäytteet ovat helpompi kerätä kuin aivo -selkäydinneste potilaille, joita epäillään aivojen tuberkuloosista).
Alkuperäinen linkki: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? Via%3Dihub
Lyhyt makro- ja mikrokokeiden tuberkuloosisarjojen esittely
Tuberkuloosipotilaiden monimutkaisen näytteen tilanteen ja erilaisten tarpeiden vuoksi makro- ja mikrokokeet tarjoavat täydellisen sarjan NGS-ratkaisuja nesteytetyön uuttamiseen ysköksenäytteistä, Qualcomm-kirjaston rakentamisesta ja sekvensointia sekä tietojen analysointia. Tuotteet kattavat tuberkuloosipotilaiden nopean diagnoosin, tuberkuloosin lääkeresistenssin havaitsemisen, mycobacterium tuberkuloosin ja NTM: n tyypit, bakteerinegatiivisen tuberkuloosin ja tuberkuloosisten ihmisten yliherkkyysdiagnostiikkat jne.
Sarjantunnistussarjat tuberkuloosiin ja mykobakteereihin:
| Kohde ei | tuotteen nimi | Tuotesisältö | näytetyyppi | soveltuva malli |
| HWTS-3012 | Näytteen vapautusaine | Yskönäytteiden nesteytymiskäsittelyssä käytetty on saanut ensiluokkaisen ennätysnumeron, Sotong Machinery -laitteet 20230047. | yskö | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm Määrätunnistussarja yliherkkään tuberkuloosiin (anturin sieppausmenetelmä) | Ei-invasiivinen (nestemäinen biopsia) yliherkkyystunnistus bakteeregatiivisille keuhkotuberkuloosille ja aivojen kyhmyille; Näytteitä ihmisistä, joiden epäillään olevan tartunnan saaneiden tuberkuloosien tai ei-tuberkuloosimykobakteerien kanssa annettiin. | Perifeerinen veri, alveolaarinen huuhteluneste, hydrothorax ja askiitti, tarkennuspuhkaisunäyte, aivo -selkäydinneste. | Toinen sukupolvi |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium -tyypitys ja lääkkeen resistenssin havaitsemispakkaus (multipleksinen monistussekvensointimenetelmä) | Mycobacterium -tyypitystesti, mukaan lukien MTBC ja 187 NTM；Mycobacterium -tuberkuloosin lääkeresistenssin havaitseminen kattaa 13 lääkeresistenssigeenien ydinmutaatiokohtaa. | Yskö, alveolaarinen huuhteluneste, hydrothorax ja askiitti, tarkennuspuhkaisunäyte, aivo -selkäydinneste. | Toisen/kolmannen sukupolven kaksoisalusta |
Kohokohdat: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium -tyyppinen ja lääkekestävyyden havaitsemispakkaus (multipleksinen monistusmenetelmä)
Tuotteen esittely
Tuote perustuu WHO: n TB-hoidon ohjeissa, makrolideissa ja aminoglykosideissa, joita käytetään yleisesti käytettyihin NTM-hoito-ohjeissa, ja lääkeresistenssipaikat kattavat kaikki lääkeresistenssiin liittyvien kohtien yleisesti käytetyt makrolidit ja aminoglykosidit Kuka Mycobacterium tuberculosis -kompleksi mutaatioluettelo, samoin kuin muut ilmoitetut lääkeresistenssigeenit ja mutaatiokohdat korkean pistemäärän tutkimuksen ja tilastojen mukaan Kirjallisuus kotona ja ulkomailla.
Tunnistaminen perustuu NTM -kantoihin, jotka on esitetty yhteenvetona NTM -ohjeissa, jotka ovat julkaissut Chinese Journal of Tuberculosis and hengityssairaudet ja asiantuntijoiden yksimielisyys. Suunnitellut tyypitysalukkeet voivat monistaa, sekvenssiä ja merkitä yli 190 NTM -lajia.
Mycobacteriumin genotyyppien geenit ja lääkeresistentit geenit monimutkaisella PCR-geenillä monimutkaisella PCR-monistustekniikalla monistettiin multipleksillä PCR ja saatiin havaittavissa olevien kohdegeenien amplicon-yhdistelmä. Monistetut tuotteet voidaan rakentaa toisen sukupolven tai kolmannen sukupolven korkean suorituskyvyn sekvensointikirjastoihin, ja kaikkiin toisen sukupolven ja kolmannen sukupolven sekvensointiympäristöihin voidaan altistua korkean perusteelliselle sekvensoinnille kohdegeenien sekvenssitietojen saamiseksi. Vertaamalla sisäänrakennetun vertailutietokannan (mukaan lukien WHO Mycobacterium tuberculosis -kompleksin mutaatioluettelo ja sen suhde lääkeresistenssiin) tunnetuihin mutaatioihin, lääkeresistenssiin tai tuberkuloosilääkkeiden herkkyyteen liittyvät mutaatiot. Yhdistettynä makro- ja mikrotestien itse avatuun ysköksenäytteenkäsittelyliuokseen, kliinisten ysköjen näytteiden alhaisen nukleiinihapon monistustehokkuuden ongelma (kymmenen kertaa korkeampi kuin perinteiset menetelmät) ratkaistiin siten, että lääkkeen resistenssin sekvensointia havaitseminen voidaan Suoraan levitetty kliinisiin ysköihin.
Tuotteen havaitsemisalue
34lääkekeskeisiin liittyvät geenit18tuberkuloosilääkkeet ja6NTM -lääkkeitä havaittiin, peittäen297lääkekestävyyskohdat; Kymmenen tyyppistä Mycobacterium tuberkuloosia ja enemmän kuin190NTM: n tyypit havaittiin.
Taulukko 1: Tiedot 18+6 lääkkeestä+190+NTM
Tuoteetu
Vahva kliininen sopeutumiskyky: ysköinäytteet voidaan havaita suoraan itse-nestefaktio-aineella ilman kulttuuria.
Kokeellinen toiminta on yksinkertainen: Ensimmäinen vahvistuksen toiminnan kierros on yksinkertainen, ja kirjaston rakenne on saatu päätökseen 3 tunnissa, mikä parantaa työn tehokkuutta.
Kattava tyypitys ja lääkekestävyys: MTB: n ja NTM: n tyypitys- ja lääkekesistenssipaikkojen kattaminen, jotka ovat kliinisen huolenaiheen avainkohtia, tarkkoja kirjoitus- ja lääkkeiden resistenssiä, tukevat riippumattomia analyysiohjelmistoja ja tuottavat analyysiraportteja yhdellä napsautuksella.
Yhteensopivuus: Tuotteiden yhteensopivuus, sopeutuminen valtavirran ILM- ja MGI/ONT -alustoihin.
Tuotespesifikaatio
| Tuotekoodi | tuotteen nimi | Havaitsemisalusta | tekniset tiedot |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium -tyypitys ja lääkkeen resistenssin havaitsemispakkaus (multipleksinen monistusmenetelmä) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus Pro | 16/96RXN |
Viestin aika: tammikuu 23-2024