Äskettäin tehdyssä metagenomiikkatutkimuksessa on paljastunut huomattavan monipuolinen kirjo jyrsijöiden kantamia viruksia ja bakteereja Heilongjiangin maakunnassa, mukaan lukien Lassa-virus, Amur-virus, salmonella ja Yersinia pestis.
Tutkimuksessa hyödynnettiinPatogeenien RNA-rikastuspakkaus Macro & Micro-Testiltä, joka perustuu koettimen sieppaustekniikkaan. Poistamalla selektiivisesti isäntä-rRNA:ta ja muita säilyneitä isäntäfragmentteja menetelmä säilytti tehokkaasti mikrobi-RNA:n, mikä paransi merkittävästi patogeenien havaitsemisherkkyyttä. Tämä patogeenien RNA:n rikastusvaihe oli ratkaisevan tärkeä korkean havaitsemisasteen saavuttamiseksi ja tarjosi vahvaa teknistä tukea patogeenien seurannalle.
Jyrsijät: Zoonoosien tärkeimmät säiliöt
Jyrsijät ovat lajirikkain ja laajimmalle levinnyt nisäkäsryhmä, johon kuuluu maailmanlaajuisesti yli 2 000 lajia ja joka muodostaa yli 40 % kaikista nisäkäslajeista.
Ekologisen merkityksensä lisäksi jyrsijät toimivat lukuisten zoonoosien aiheuttajien tärkeimpinä reservuaareina ja vektoreina.Koska jyrsijöiden elinympäristöt menevät usein päällekkäin ihmisten elinympäristöjen kanssa – suorien puremien, ulosteiden kanssa kosketuksen tai epäsuoran tartunnan kautta kirppujen ja punkkien kautta – niiden kantamat taudinaiheuttajat aiheuttavat jatkuvia kansanterveysuhkia.
Merkillepantavaa on, että yli 70 % uusista tartuntataudeista on peräisin luonnonvaraisista eläimistä, ja jyrsijät ovat yksi merkittävimmistä virusreservuaareista.
Heilongjiangin raja-alue: Taudinaiheuttajien valvonnan etulinja
Heilongjiang, rajaseudulla sijaitseva maakunta Koillis-Kiinassa, omaa runsaasti ekologisia resursseja ja sillä on raja useiden maiden kanssa. Rikkaan luonnon monimuotoisuuden ja tiheän väestönsiirron yhdistelmä luo suotuisat olosuhteet taudinaiheuttajien leviämiselle.
Kesäkuun ja heinäkuun 2021 välisenä aikana tutkijat keräsivät 67 villijyrsijää Hengdaohezin kaupungista Mudanjiangin kaupungista. Näytteisiin kuuluivat:
l 20Apodemuksen niemimaa
l 47Myodes rufocanus
Kaikki yksilöt pyydystettiin asuinalueilla ja ympäröivillä viljelysmailla, mikä korostaa ihmisasutusten ja villieläinten elinympäristöjen välistä läheistä rajapintaa.
Patogeenien rikastustekniikka: Isännän taustahäiriöiden voittaminen
Metagenomisessa sekvensoinnissa isäntä-RNA tyypillisesti hallitsee sekvensointilukuja, peittäen alhaisen patogeenimäärän signaaleja.
Tämän haasteen ratkaisemiseksi tutkimuksessa käytettiinMacro & Micro-Testin patogeenien metagenomiikkatestipakkaus. Koettimien sieppaustekniikkaa käyttäen erityisesti suunnitellut koettimet sitoutuvat isännän rRNA:han ja konservoituneisiin sekvensseihin, mikä mahdollistaa niiden hävittämisen ja siten mikrobi-RNA:n rikastumisen.
Tämä lähestymistapa paransi merkittävästi patogeenien havaitsemisherkkyyttä, minkä ansiosta jatkosekvensoinnilla saatiin talteen suurempi osa patogeenitulkinnoista. Rikastusvaihe loi vankan perustan jyrsijöiden kantaman patogeenispektrin tarkalle karakterisoinnille.
Rikastuksen jälkeen RNA-näytteille tehtiin käänteiskopiointi, kirjaston rakentaminen ja suuren läpimenon sekvensointi. Bioinformatiikan analyysiin sisältyi:
Isännän genomin suodatus
Taksonominen luokittelu Kraken2:n avulla
Runsauskorjaus saniaisilla
Tämä työnkulku loi kattavan profiilin virus- ja bakteeriyhteisöistä.
Tutkimustulokset: Useiden virusten ja bakteerien rinnakkaiskierto
Viruslöydökset
Löydetyt virukset kuuluivat 21 virusperheeseen, mukaan lukienArenaviridae-viruksetjaHantaviridae-heimon.
Kauttade novoMegahit-menetelmällä tehdyllä kokoonpanolla luotiin 154 viruskontigia, joista 110 oli linjassa 19 viruksen kanssa kahdeksasta perheestä.
In Apodemuksen niemimaaseuraavat virukset tunnistettiin:
l Arenavirukset: Lassa-virus, Wenzhou-virus, Gairo-virus
l Hantavirukset: Amur-virus, Puumala-virus
In Myodes rufocanus, Rotan arterivirusta ja Amur-virusta havaittiin.
Näiden taudinaiheuttajien joukossa:
Lassa-virus on virusperäisen verenvuotokuumeen aiheuttaja, ja sen kuolleisuus on noin 20 %.
Amur-virus on yksi munuaisoireyhtymää (HFRS) aiheuttavista taudinaiheuttajista. Kiinassa on maailmanlaajuinen hantavirusinfektioiden taakka.
Bakteerilöydökset
Yhteensä 1 051 bakteerisukua annotoitiin.
Runsaimmat suvut olivat:
lSalmonella(26–31 %)
lYersinia(11–23 %)
Salmonellaon merkittävä elintarvikeperäinen patogeeni, joka aiheuttaa arviolta 9 miljoonaa lavantautitapausta ja noin 110 000 kuolemantapausta vuosittain maailmanlaajuisesti.
Yersinia pestis, ruton aiheuttaja, on ollut vastuussa kolmesta historiallisesta pandemiasta. Heilongjiangin maakunta on tunnustettu yhdeksi Kiinan luonnollisista ruttopesäkkeistä ja on edelleen ruton seurannan prioriteettialue.
Tutkimuksen merkitys
Tieteelliset panokset
Tämä tutkimus on ensimmäinen raportti Lassa-virusfragmenteista ja rotan arteriittiviruksesta jyrsijöillä Heilongjiangin alueella, ja se laajentaa Kiinan jyrsijöiden levittämien taudinaiheuttajien tietokantaa.
Se kuvaa systemaattisesti virus- ja bakteeriyhteisöjä paikallisissa jyrsijäpopulaatioissa ja tarjoaa lähtötietoja zoonoosien seurantaan raja-alueilla.
Kansanterveydelliset vaikutukset
Tulokset korostavat jatkuvan seurannan ja taudinaiheuttajien seulonnan tarvettaA. niemimaajaM. rufocanus.
Tiedot tarjoavat tieteellistä näyttöä, joka tukee lähteiden torjuntastrategioita esimerkiksi ruton ja munuaisoireyhtymään liittyvän verenvuotokuumeen torjumiseksi.
Metodologiset vahvuudet
Metagenomiikan sekvensointi mahdollistaa sekä tunnettujen että uusien patogeenien puolueettoman havaitsemisen.
Tässä tutkimuksessa Macro & Micro-Testin patogeenirikastusteknologia osoitti vahvaa suorituskykyä ja paransi tehokkaasti kohdepatogeenien havaitsemista monimutkaisissa biologisissa näytteissä. Tulokset vahvistavat sen kyvyn tukea herkän patogeenien tunnistamista villieläinten seurannassa.
Tuotesuositus
Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit -pakkausta suositellaan metagenomisen seurannan tutkimukseen sen onnistuneen käytön perusteella tässä tutkimuksessa.
Poistamalla tehokkaasti isäntänukleiinihappoja ja rikastamalla mikrobisekvenssejä, pakkaus parantaa merkittävästi havaitsemisherkkyyttä ja datan laatua. Se on olennainen työkalu patogeenien tarkkaan löytämiseen monimutkaisista näytteistä ja tarjoaa vankkaa teknistä tukea kansanterveyden seurantaan, zoonoosiriskinarviointiin ja epidemioiden varautumiseen.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Julkaisun aika: 02.03.2026